牛顿晚年没有在自然界做出显著贡献的原因是多方面的，主要包括以下几点：

政治和学术地位的提升：

随着科学声誉的提高，牛顿的政治地位也得到了提升。1689年，他被当选为国会中的大学代表，并开始疏远给他带来巨大成就的科学，表现出对科学领域的厌恶。

神学研究：

牛顿晚年大量时间花费在神学研究上，他虔诚地相信上帝，并撰写了大量的神学题材著作。他甚至提出了“第一推动力”的说法，认为上帝是宇宙运行的动力来源。

炼金术的沉迷：

牛顿晚年还沉迷于炼金术，这也分散了他对自然科学研究的精力。

健康问题：

有观点认为，牛顿晚年可能由于过度劳累、实验污染、母亲离世、重要文稿被毁等多种因素导致的神经衰弱和慢性中毒，影响了他的科学研究和创作能力。

科学优先权的争论：

牛顿晚年还花费大量时间与同时代科学家如胡克、莱布尼兹等进行科学优先权的争论，这也消耗了他大量的时间和精力。

综上所述，牛顿晚年没有在自然界做出显著贡献，主要是因为他政治和学术地位的提升带来的重心转移，对神学和炼金术的沉迷，以及健康问题等多方面的原因。尽管如此，他在科学史上的地位和贡献仍然是不可磨灭的。