当文件抬头单位名称过长时，可以采取以下几种方法来处理：

紧缩字间距：

通过调整字间距，使单位名称尽量看起来在合适的长度内。

使用简称：

选择没有歧义的简称来代替全称，例如将“某某市食品与药物监督管理局”简写为“某某市食药监局”。

分两行书写：

如果单位名称实在过长，可以将其分成两行书写，确保两行的字体排列整齐一致。例如，可以左边一行写大字，右边两行写小字。

靠右下方分两行书写：

在落款时，将单位名称靠右下方分两行书写，每行对齐或上短下长均可，并加盖公章。

使用缩写：

在确保缩写不会引起歧义的情况下，可以使用单位名称的缩写。

分行书写：

如果单位名称较长，可以将其分行书写，例如将名称分成几部分，每部分占一行。

使用英语缩写：

如果单位名称是英文且过长，可以考虑使用其缩写形式，但需确保缩写不会引起误解。

根据具体情况选择合适的方法，确保文件抬头单位名称既美观又规范。