青藏铁路修建的三大难题是 高原缺氧、冻土和环保。

高原缺氧：

青藏铁路沿线海拔4000米以上的地段占全线85%左右，年平均气温在0℃以下，空气含氧量只有内地的50%-60%。高寒缺氧，风沙肆虐，紫外线强，自然疫源多，被称为人类生存极限的“禁区”。

冻土：

青藏铁路穿越海拔4000米以上地段达960公里，最高点为海拔5072米，所经冻土线路最长（546.4公里）。多年冻土、高寒缺氧和生态脆弱这三大世界性难题给青藏铁路建设带来了极大困难。

环保：

青藏铁路穿越了可可西里、三江源、羌塘等中国国家级自然保护区，生态环境敏感而脆弱。铁路从设计、施工建设到运营维护，始终秉持“环保先行”理念，采取了多项环保措施，如建立野生动物专用通道、人造湿地、实现地面和列车的“污物零排放”等。