《胭脂扣》的故事原型在历史上确实存在。以下是一些相关信息：

杜十娘：

明代冯梦龙所著《警世通言·杜十娘怒沉百宝箱》中的女主人公杜十娘，虽然身处青楼，但对封建压迫忠贞不屈，为了摆脱逆境，她想方设法为自己赎身，并将全部希望寄托在深爱的公子李甲身上。

十二少：

虽然《胭脂扣》中的十二少并没有明确的原型，但电影中的角色是基于李碧华的小说《胭脂扣》改编的。张国荣曾公开表示，李碧华的小说《霸王别姬》和《胭脂扣》就是以他自己为原型。

如花：

电影中的如花角色也是基于历史人物或文学形象改编的。李碧华的小说《胭脂扣》中，如花是一个寻找真爱的风尘女子，她的故事在历史上可能有类似的原型。

综上所述，《胭脂扣》的故事原型在历史上确实存在，主要是基于一些著名的文学和历史人物。电影《胭脂扣》虽然是一部艺术作品，但其情节和人物设定都受到了这些历史原型的影响。