阿尔敏是通过以下步骤和线索判断出亚妮是女巨人的：

情报汇总与分析：

阿尔敏与调查兵团的成员多次交手，汇总了许多关于女巨人的情报。结合这些情报和阿尔敏强大的分析能力，他推测亚妮很可能是女巨人，尽管存在高度怀疑。

行为观察：

阿尔敏注意到亚妮在某些关键时刻的行为与女巨人相符。例如，当女巨人第一次出现时，阿尔敏喊了一句莫名其妙的话，女巨人立刻停住了，这表明女巨人对阿尔敏有反应，证明她是自己人。

对话确认：

在抓捕行动之前，阿尔敏与亚妮进行了一段对话。最终，亚妮在阿尔敏让她进入地道时死活不进，直接不装了，这一行为彻底暴露了她的真实身份。

以身入局：

阿尔敏在确认亚妮是女巨人后，没有犹豫，而是以身入局，将亚妮引入陷阱，这进一步证明了他对亚妮身份的判断是正确的。

综上所述，阿尔敏通过综合分析情报、观察亚妮的行为、进行关键对话以及以身入局，最终确定亚妮是女巨人。