《爱丽丝学园》的漫画结局存在多个版本，具体如下：

版本一

万恶之源初等部校长倒台。

蜜柑失去爱丽丝，被消除记忆，离开爱丽丝学园。

蜜柑和枣最终在一起，但所有人都不记得他们。

版本二

蜜柑失去爱丽丝，被抹去记忆，作为普通学生在以前的镇上长大成高中生。

流架、枣、鸣海老师等去找到了蜜柑，枣用爱丽丝石让蜜柑恢复了记忆。

蜜柑选择和他们一起寻找为了救蜜柑而在时空中流窜的小萤。

蜜柑和枣最终在一起，是个相对平庸的欢乐大团圆。

版本三

枣为了亲自用双眼确定初等部校长不会从他的火焰爱丽丝中逃脱牺牲了。

蜜柑就算用尽爱丽丝也没有让他醒来。

小泉月对初等部校长使用了吸魂爱丽丝决定用一生去赎罪。

对于失去爱丽丝的蜜柑，学校为了保护她决定抹去她的记忆再送到外界生活。

失去记忆的蜜柑和被特别允许的小熊还有爷爷一起生活，快乐地升上了高中。

版本四

枣将蜜柑以前给他的那片小爱丽丝石还给了蜜柑，蜜柑恢复记忆。

小莹和昂依然接受惩罚，只有少数人记得他们。

蜜柑记起小莹和她的友谊，于是枣、流架和蜜柑踏上了寻找小莹和昂的道路。

蜜柑被软禁在迷宫栋，只有数人能够接触她，这样过了4个月后圣诞节那晚志贵放松了结界，蜜柑与枣相见，Kiss，并誓言永远相爱。

综上所述，《爱丽丝学园》的漫画结局存在多个版本，具体结局有所不同。建议您查看多个来源以获取更全面的信息。