马云的淘宝主要通过以下几种方式赚钱：

广告费

淘宝平台上有大量的广告位，商家为了提高自己商品的曝光率，会购买这些广告位。广告位包括首页广告、搜索结果广告等，商家需要支付费用给淘宝，以获得更高的曝光率和更多的流量。

此外，淘宝还提供各种广告服务，如淘宝直通车、钻石展位、淘宝客等，这些都是商家为了推广自己商品而支付的费用。

交易佣金

淘宝平台在每笔交易中会收取一定比例的佣金。无论是买家还是卖家，只要进行交易，都需要支付这笔费用。虽然买家在购物时不需要支付手续费，但卖家在收款时需要支付一定比例的通道使用费。

平台增值服务

淘宝提供多种增值服务，如旺铺（标准版、拓展版、旗舰版）服务、数据统计分析服务、各种官方营销工具等。商家为了提升店铺形象和销售业绩，会购买这些增值服务。

保证金

商家在淘宝开店时需要缴纳一定数额的保证金，这些保证金会存放在淘宝平台，形成一笔现金流。虽然保证金在交易完成后会退还给商家，但在资金沉淀期间，淘宝可以利用这笔资金进行其他投资或运营活动。

支付宝

淘宝的交易大部分通过支付宝进行，支付宝在交易过程中会暂时保管买家的货款。虽然买家在付款时不需要支付手续费，但卖家在收款时需要支付通道使用费。

天猫入驻费

天猫是淘宝旗下的一个品质保证平台，商家入驻天猫需要支付入驻维护费。这笔费用是天猫平台的重要收入来源之一。

第三方增值服务

第三方TP（第三方技术服务提供商）利用淘宝的开放平台API开发软件服务，并从服务分成中获得收入。

综上所述，马云的淘宝通过广告费、交易佣金、平台增值服务、保证金、支付宝、天猫入驻费以及第三方增值服务等多种方式实现盈利。这些收入来源共同构成了淘宝强大的盈利能力。