公司有责任。无论是从民法还是劳动法的角度来看，公司都没有权利拍摄员工在厕所内的照片。这种行为严重侵犯了员工的隐私权，违反了《治安管理处罚法》，并可能构成刑事犯罪。

民事责任

根据《民法典》的相关规定，拍摄他人如厕照片属于侵犯隐私权的行为，员工可以要求公司停止侵权、消除影响、赔礼道歉以及赔偿损失。

行政责任

根据《治安管理处罚法》，偷窥、偷拍、窃听、散布他人隐私的行为是违法的，会受到行政处罚。

刑事责任

如果公司将所拍照片散播或用于非法用途，甚至可能触犯侮辱罪等刑事犯罪。

劳动法规定

《劳动法》明确规定保护劳动者的人格尊严和人身权益，公司偷拍员工如厕照片的行为严重违反了相关法律规定，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

综上所述，公司从法律层面上有责任保护员工的隐私权，禁止任何形式的偷拍行为，并在发生此类事件时承担相应的法律责任。建议员工在遇到此类情况时，及时与公司协商解决，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。