根据最新的规定，机票退票手续费是根据购买机票时的折扣率来计算的，而不是由12306系统直接决定。具体规定如下：

全价机票：

退票手续费按机票票价的百分之十收取，最低收费为50元人民币。

9-8折机票：

收取票价的10%作为退票手续费。

7.5-5.5折机票：

收取票价的20%作为退票手续费。

5-3.5折机票：

收取票价的50%作为退票手续费。

3折机票：

不得退票。

建议在购票时仔细阅读机票的退票和改签条款，以便了解可能产生的费用。