《金陵十三钗》的结局存在不同版本，具体如下：

神父将女学生装在大卡车车厢里顺利逃走，但在这13个女子中，只有赵玉墨活了下来，她毁了自己的容貌并整容，出席了审判，揭露了南京大屠杀的真相。

其他11个女子在日军享用后被发送到慰安所，相继逃亡时被击毙、染病、自杀。

玉墨是唯一幸存者，她指证日军强奸，书娟从嗓音辨认出她，天生丽质的玉墨已被毁容。

电影没有交代结局，但原著中有交代结局，原著上是孟书娟在1946年8月，南京举行的对日本战犯的审判大会上看到了赵玉墨坐在证人席上，指认日本高级军官的罪行。此时的赵玉墨面容全非，但独特的嗓音和身形让孟书娟认了出来。十三个人只有赵玉墨活了下来。

综上所述，电影《金陵十三钗》的结局中，赵玉墨是唯一幸存者，她毁容后整容并出席审判，揭露了日军的罪行。其他11个女子则被送往慰安所，最终悲惨死去。