紫薇的地位高于小燕子。虽然小燕子和紫薇都是乾隆皇帝封赏的格格，但紫薇是乾隆皇帝的亲生女儿，这使得她在地位上具有明显的优势。在剧情中，紫薇被封为固伦公主，这是只有皇后的女儿才能拥有的尊贵身份。而小燕子虽然也被封为格格，但并未获得与紫薇相同的尊贵封号。

此外，乾隆皇帝对紫薇的宠爱程度也体现了她在宫廷中的地位。乾隆皇帝在紫薇成婚时，特意封她为固伦公主，这一举动不仅彰显了紫薇的高贵地位，也表明了他对紫薇的特别喜爱和重视。尽管小燕子和紫薇情同姐妹，但宫廷中的权力和地位并非仅凭情感决定，而是由诸多因素综合考量。

因此，从皇帝的赐封和宠爱程度来看，紫薇的地位明显高于小燕子。