鉴定菌种名称可以通过以下几种方法进行：
直接观察
对引进的母种，首先要用肉眼观察包装是否符合要求，棉塞有无松动，试管有无破损，棉塞中有无杂菌和病虫害侵染，菌丝色泽是否正常、有无老化等现象。购进或自制的原种，瓶内菌丝应粗壮整齐、分枝浓密、色浓白呈绒毛状，说明生长旺盛。如瓶底出现黄水、菌丝萎缩与瓶壁脱离，或出现原基扭结，说明菌种老化应淘汰。
菌种纯度检查
在菌种管或菌种瓶中出现其他颜色的菌丝或孢子（绿色、黄色、黑色等），则说明菌种不纯，被杂菌污染不能使用。如果在接菌时发现菌种有异味也说明菌种被杂菌污染，不能使用。
吃料能力鉴定
将母种接入最佳配方的原种培养基中，或将原种接入栽培袋中观察菌丝生长情况。经1周的培养，如果菌种块能很快萌发并迅速向四周的培养料中生长伸展，说明菌种的吃料能力强。反之，菌种块萌发后生长缓慢，迟迟不向四周和料层深处伸展，则表明菌种对培养料的适应能力差。
观察菌丝长势
将供测的菌种接入其适宜的试管培养基上进行培养，如果菌丝生长整齐浓密、健壮有力，则表明为优良菌种。若菌丝生长缓慢或长速太快、稀疏无力、参差不齐、容易衰老，则表明菌种质劣。
栽培试验观察
通过一定的栽培试验，凡具备优质高产、抗杂能力强和遗传性稳定的菌株，才是优良和可推广应用的品种。
分子生物学方法
包括提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上机测序之后，上GeneBank或者Eztaxon对比。细菌16SrDNA菌种鉴定：提取DNA，特定引物PCR扩增，PCR产物纯化测序，进化树分析；真菌18S rDNA/ITS菌种鉴定流程也是一样的。
常规鉴定
包括菌落形态观察、革兰氏染色、菌毛染色、糖类分解实验、吲哚实验、淀粉水解实验、V-P实验、甲基红实验、柠檬酸盐利用实验、硝酸盐还原实验、接触酶实验等。
BIOLOG自动鉴定
BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。
API细菌鉴定
利用一系列生物化学试验对细菌进行鉴定。
质谱技术
利用电力生物质谱对细菌核酸、蛋白质、多糖等物质进行质谱分析，具有快速、准确、灵敏度高等优点。
综合以上方法，可以根据具体情况选择合适的方法进行菌种鉴定。常规鉴定方法操作简便，适用于快速初步鉴定；而分子生物学方法和质谱技术则更为精确，适用于需要高精度鉴定的场合。
