巧虎里的玲玲被妙妙替换的原因主要有以下几点：

动手能力更强：

妙妙相较于玲玲，动手能力更强，这可能是为了吸引更多喜欢动手操作的儿童观众。

适应新主题：

妙妙是搞科学实验的，而巧虎原本是以游戏为主。妙妙科学屋除了实验器材外，还包含手工和魔术，这样的主题转变可能使得妙妙更适合作为新的角色出现。

社会家庭型态的转变：

新角色妙妙是一个猫型小女孩，她的家庭背景是单亲家庭，有妈妈和祖母同住。这样的设定反映了社会上越来越多的单亲家庭、兼职主妇及隔代教养的现象，让新时代的小朋友在观看时能有更多的亲近感。

动画制作技术的变化：

有观点认为，动画改版成3D后，绵羊型的玲玲外型难以建模，甚至可能直接变成一颗爆米花，因此需要更换角色。

角色个性与发展：

也有观点认为，玲玲个性太过成熟，经常说着口头禅“很可疑”，家长投诉会影响儿童发展，因此需要更换角色。

综合以上几点，可以推测出巧虎里的玲玲被妙妙替换的原因是多方面的，包括动手能力、动画制作技术、社会家庭型态的转变以及角色个性与发展等。