修建青藏铁路遇到的主要困难包括：

高寒缺氧：

青藏铁路沿线海拔高，大部分地区氧气含量仅为海平面的50%左右，极端气温可达-40℃。高寒缺氧环境对建设者的生命健康构成巨大威胁，为此，铁道部、卫生部专门作出详细规定，并投入近2亿元建立医疗卫生保障点，确保建设者的健康。

多年冻土：

青藏铁路穿越海拔4000米以上地段达960公里，其中550公里为多年冻土区。冻土的地质构造复杂，受全球气候变暖影响，冻土消融可能导致路基变形甚至垮塌。为攻克这一难题，中国科学家采取了多种措施，如以桥代路、片石通风路基、热棒、保温板等。

生态脆弱：

青藏铁路穿越可可西里、三江源、羌塘等国家级自然保护区，生态环境敏感而脆弱。为了保护生态环境，铁路建设者采取了多项环保措施，如建立野生动物专用通道、人造湿地、实现地面和列车的“污物零排放”等。

这三大困难不仅考验了建设者的技术和毅力，也体现了人类在面对自然挑战时的智慧和创造力。青藏铁路的建成，不仅是中国铁路建设史上的一个奇迹，也是世界铁路建设史上的一个重要里程碑。