《金陵十三钗》的结局存在不同版本，具体如下：

神父将女学生装在大卡车车厢里顺利逃走

在电影中，神父约翰·米勒将女学生装在大卡车车厢里，上面盖了好多木板，并用几箱红酒引诱日本人，最终女学生顺利逃走。

玉墨是唯一幸存者

玉墨是唯一一个活下来的女子，她毁了自己的容貌并整容，在1946年南京审判会上指证日军的罪行。

其他女子的悲惨命运

其他十二个女子被送往日军部落，最终下场悲惨，有的被击毙，有的染病，有的自杀。

王熙凤成为造反派头目并自杀

在某些版本中，王熙凤成为了造反派的头目，最终自杀身亡。

莫小贝与慕容复复仇

在某些版本中，莫小贝与慕容复一起找到金陵十三钗，让她们为所做的事情付出代价，但最终也释放了负心汉宋青书，让他去面对自己的罪行。

综合来看，电影《金陵十三钗》的结局以神父成功救出女学生，玉墨作为唯一幸存者指证日军罪行为主要情节，其他女子则面临悲惨的命运。不同版本之间存在细节上的差异，但总体框架相似。