Protel99和Protel99SE的区别主要在于它们的 内核版本。

内核版本差异

Protel99是一个过渡版本，其内部版本仍为3.0，即Protel98，只不过将其用Access数据库进行封装，集成到一个DDB文件之内。

Protel99SE的内核是4.0的，SP6是其最终版本，功能相对完善。

功能和稳定性

Protel99作为一款经典的电子设计自动化（EDA）软件，虽然功能强大，但其操作复杂，学习曲线较陡峭，更适合有一定基础或者需要处理复杂设计的专业人士。

Protel99SE作为Protel99的升级版本，内核版本更高，功能更完善，操作相对简化，可能更适合新手或需要更稳定性能的用户。

数据库封装

Protel99使用Access数据库进行封装，集成到一个DDB文件之内。

Protel99SE则可能使用了更新的数据库技术，提供了更好的兼容性和性能。

建议

如果你已经熟悉了Protel99的操作并且对其性能满意，可以继续使用Protel99。

如果你需要更先进的功能、更稳定的性能以及更好的用户体验，建议升级到Protel99SE。

希望这些信息对你有所帮助。如果有更多具体问题或需要更详细的技术对比，建议查阅最新的官方文档或用户反馈。