《海贼王》中，路飞和女帝的故事主要从 第408集开始。在这一集中，路飞因为被海贼“熊”打败，意外地漂流到了女儿岛，并误闯入了女帝波雅·汉考克的浴室，从而开启了他们之间的故事。

详细来说，女帝首次正式登场是在 第410集，她以九蛇的最高领导人以及九蛇海贼团的船长的身份出现，展现了她独特的魅力和强大的实力。而路飞第一次见到女帝则是在 第412集。

因此，如果要从漫画或动画的开始追看路飞和女帝的故事，建议从第408集（动画）或第514话（漫画）开始。