程序文件和体系文件的区别主要体现在以下几个方面：

定义和范围

程序文件：程序文件是质量手册的支持性文件，对影响质量的活动做出规定，是质量体系中采用的全部要素的要求和规定的详细描述。每一个程序文件应针对质量体系中一个逻辑上独立的活动。

体系文件：体系文件包括程序文件、作业指导文件（含技术规范或操作规程）、记录表格等，是一个更为广泛的概念，涵盖了企业质量管理的所有文件和记录。

层次结构

程序文件：通常位于体系文件的第二层次，是质量管理体系的主体，对质量手册起支撑作用。

体系文件：一般分为三个或四个层次，包括质量手册、程序文件、作业指导文件和记录表格。

内容和作用

程序文件：详细描述了影响质量的活动流程，包括统计技术的选用与确定、作业指导书的编制、人员培训、应用的实施和验证等。

体系文件：涵盖了企业运作的各职能分工、质量方针、目标、规章制度等，是规定企业运行各个主要环节的文件。

数量和灵活性

程序文件：数量没有明确规定，可以根据实际需要拆分或合并。

体系文件：虽然通常分为三个或四个层次，但具体文件数量和详细内容可以根据企业的实际情况进行调整。

总结：

程序文件是体系文件的一部分，主要描述影响质量的活动流程和要求，而体系文件则是一个更为广泛的概念，包括了程序文件、作业指导文件、记录表格等，涵盖了企业质量管理的所有方面。程序文件通常位于体系文件的第二层次，对质量手册起支撑作用，而体系文件则根据企业的实际情况进行灵活调整和补充。