《凰图腾》的大结局如下：

飞鸿的使命与牺牲：

飞鸿在经历一系列冒险和战斗后，成功解决了大部分问题，但最后关头为了救风燕和彩蝶，放弃了杀死皇帝的机会。飞鸿、风燕和彩蝶三人因此被捕，但皇帝偷偷放走了他们。

风燕的选择：

风燕在关键时刻回到皇帝身边，并最终成为皇后。尽管她成为了皇后，但在某种程度上无法真正与飞鸿和彩蝶相伴左右。

彩蝶与飞鸿：

彩蝶和飞鸿在经历种种波折后，最终离开了皇宫，过上了平静的生活。风燕成全了飞鸿和彩蝶，在他们两人睡着的时候悄悄地走了。

太后的牺牲：

太后为皇上挡刀牺牲，保护了皇上的安全。皇上在夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，感叹物是人非。

风萤的命运：

风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了。风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤，心疼了起来。

综上所述，《凰图腾》的结局是一个充满牺牲和成全的故事，飞鸿、风燕和彩蝶三人的感情纠葛和命运起伏贯穿始终，最终都以各自的方式找到了属于自己的归宿。