《凰图腾》的结局中，风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了。彩蝶和段飞鸿离开了皇宫，而风燕和皇上在一起了，并最终当上了皇后。太后为皇上挡刀牺牲。皇上在夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，然而却已经物是人非。风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现，皇上看到很吃惊。风燕表示皇上放了自己走，却让自己明白心意有些不舍。风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤，心疼了起来。

此外，也有描述称风燕飞鸿彩蝶出宫了，风燕也成全了飞鸿和彩蝶，在他们两人睡着的时候悄悄地走了，飞鸿眼看着风燕走了，怅然若失。风燕回到了皇上的身边，皇上很高兴，风燕最后成了皇后。

综合以上信息，可以得出《凰图腾》的结局是风燕成为了皇后，而风萤眼瞎，彩蝶和段飞鸿离开了皇宫。