防伪码被查询过并不一定意味着该商品不是正品。以下是几种可能的情况：

防伪码被二次利用：

有些不法商家可能会回收已经使用过的防伪码，并将其用于假冒商品上。由于防伪码通常是一次性的，一旦被查询并验证为真，就无法再次验证，这为防伪码的二次利用提供了可能。

防伪系统漏洞：

如果防伪系统本身存在漏洞，或被不法分子攻破，那么防伪码就有可能被伪造或篡改，导致查询结果失真。消费者如果使用了非官方渠道进行查询，可能会被误导，认为假冒商品是正品。

信息不对称：

品牌方可能出于保护商业秘密或减少查询成本等原因，并未将所有防伪信息都纳入查询系统，导致部分真品也可能无法通过防伪码查询得到验证。

防伪标签印刷公司的问题：

防伪标签印刷公司全国都有，谁都可以购买并进行仿冒，这样即使防伪码证明是正品，也有可能是假的。

伪造查询平台：

造假的人也会贴防伪标，并且会尽可能地和正品的防伪标做得很像。防伪查询的前提是平台本身是真的，如果平台本身都是假的，防伪查询就失去了意义。

建议

从正规渠道购买：尽量通过官方渠道或正规授权的销售渠道购买商品，以降低购买到假冒商品的风险。

检查防伪码：在购买后，可以通过官方网站或客服电话查询防伪码，确认商品的真伪。

注意退换货：如果已经购买并查询过防伪码，但仍有疑虑，可以要求退换货。

综上所述，防伪码被查询过并不一定意味着商品不是正品，但确实存在一定的风险。消费者在购买商品时应尽量选择正规渠道，并通过官方渠道进行防伪码查询，以确保购买到正品。