诺基亚N9搭载的是 MeeGo操作系统。MeeGo是一个基于Linux的开源操作系统，由诺基亚和英特尔共同开发，主要应用于移动设备。N9采用了MeeGo 1.2 Harmattan版本，并拥有独特的3屏滑动界面，这一界面由诺基亚自命名为Swipe用户界面。

尽管诺基亚在2011年宣布放弃MeeGo，但N9仍然是唯一一台也是最后一台采用MeeGo操作系统的手机。MeeGo系统以其简洁美观的界面和流畅的运行获得了消费者的关注，并支持多种应用，包括社交、娱乐和工具等类型。