《金陵十三钗》的结局存在不同版本，以下是较为可信的结局：

神父将女学生装在大卡车车厢里顺利逃走

在南京审判会上，玉墨指证日军，书娟从嗓音辨认出她，天生丽质的玉墨已被毁容。她是唯一幸存者，也是她证实日军如何分享她和另外12个女学生。其中一个用牛排刀反抗但未遂，当场被害。11个女人在日军享用后被发送到慰安所，相继逃亡时被击毙、染病、自杀。

玉墨作为唯一的幸存者

玉墨被日本人留下当慰安妇，她毁了自己的容貌并整容，出席了审判，揭露了南京大屠杀的真相。

其他女子的悲惨命运

在那次日本军官分享13个“女学生”时，其中两个女人企图用牛排刀反抗未遂，当场被杀害。其余11个女人在被发放到刚刚建立的慰安所，于两三年内相继死去的有10人。她们有的是试图逃亡被击毙的，有的是染病而死，个别是自杀的。

综合以上信息，可以得出结论：在《金陵十三钗》中，神父成功将女学生装在大卡车车厢里逃走，但只有玉墨一人活下来并揭露了日军的罪行。其他女子则遭到了日军的残酷对待和折磨，最终悲惨死去。