在电视剧《愤怒的蝴蝶》中，黄昆仑抽林舒骨髓的原因是因为他体内有不知名的病毒，且找不到解药。他害怕林舒也会感染这种病毒，因此想要通过抽取林舒的骨髓来进行研究，以找出可以克制这种病毒的方法。黄昆仑在得知自己生命所剩无几后，为了不连累林舒，他选择在林舒不知情的情况下进行这一行为。

具体情节中，黄昆仑利用迷香将林舒迷晕，然后让人在林舒熟睡后偷偷抽取她的骨髓。林舒后来得知真相后，感到极度的心痛和背叛。黄昆仑的行为虽然残忍，但他这么做是出于对林舒深深的爱和保护欲。

此外，林舒的体内被发现有白克特1103病毒，这种病毒本身正是克制黄昆仑体内病毒的办法。黄昆仑在得知林舒被注射了这种病毒后，更加迫切地想要找到解救她的方法。

综上所述，黄昆仑抽林舒骨髓的原因是为了研究病毒并寻找解药，以保护她免受病毒侵害，尽管他的做法极为残忍，但动机是出于对林舒深深的爱。