在《火影忍者》剧场版《失落之塔》中，水门是否知道鸣人是自己的儿子，存在不同的解读：

水门没有直接表明知道鸣人是自己儿子

水门在电影中并没有明确说出鸣人就是他的儿子，他只是表达了一种希望如此的情感。

鸣人的发色和眼睛瞳色与水门相同，并且他使用了螺旋丸，这是当时只有水门和自来也会使用的术。这些相似之处可能让水门有所怀疑，但并没有确凿证据证明他就是鸣人的父亲。

水门可能已经猜到鸣人是自己未来的孩子

有观点认为，水门在电影中已经猜到鸣人会是自己未来的孩子，但由于剧情设定，他无法直接告诉鸣人这一点。这种猜测基于水门对鸣人的关心和期望，以及鸣人未来成为伟大忍者的命运。

自来也和其他忍者可能知道鸣人的身份

自来也作为鸣人的师父，很可能知道鸣人的身份。此外，目睹四代封印九尾过程的忍者也可能知道鸣人的身份。至于卡卡西和木叶村的其他高层，从逻辑上来说也应该清楚鸣人的身份。

剧情设定导致水门和鸣人没有相认

在电影的结尾，水门说了“如果我有儿子，我会把他培养成像你这样出色的忍者”这种暧昧的话，但由于时间秩序的设定，任务完成后全体失忆，导致水门和鸣人都没有认出彼此。

综上所述，虽然有一些线索暗示水门可能知道鸣人的身份，但电影并没有明确表明水门确实知道鸣人是自己的儿子。