南非是非洲大陆最南端的国家，也是非洲大陆离中国最远的地方。以纬度计算，南非的开普敦和中国的昆明距离最近。开普敦位于南纬34.42度，东经19.24度，而昆明则位于北纬24.96度，东经102.77度，两地理论经纬差为59.38和83.53度，理论距离为15863公里。

尽管三沙市在地理位置上离南非较近，但它并不是一个主要的城市，且距离南非的实际飞行距离可能比开普敦到昆明的距离要远。

综合考虑，开普敦是南非离中国最近的主要城市。