灰姑娘的水晶鞋在过了12点不会消失的原因可能有多种解释，以下是一些可能的原因：

魔法的持续时间

仙女的法术可能只是半桶水，所以到了12点法术就会消失。

仙女知道水晶鞋在王子手中，为了实现灰姑娘的愿望所以没有变回去。

水晶鞋的特殊性

水晶鞋是唯一的礼物，而其他都是障眼法幻化的，电影里面仙女教母和灰姑娘说：魔法会在12点最后一声钟响时失效，后面还有一句低语：除了那双鞋子。

水晶鞋象征着少女干净透明而纯洁的感情，只有应爱而生的人才配得上它。

故事情节的需要

如果水晶鞋在12点消失，后面的情节就不会发生了，王子找不到灰姑娘，就不能算是童话了。

童话的结局往往是美好的，是个美丽的失误，因此水晶鞋被设计为不消失，以保持故事的完整性。

其他原因

有些解释认为水晶鞋因为灰姑娘的脚臭，脚汗的污浊包裹了水晶鞋使之失去魔法以致无法升华消失。

还有一种解释是水晶鞋是变出来的，而不是真正的魔法物品，因此不会消失。

综合以上解释，可以得出结论：灰姑娘的水晶鞋在过了12点不会消失，主要是因为仙女的法术持续时间、水晶鞋的特殊象征意义以及故事情节的需要。这些因素共同作用，使得水晶鞋成为了童话中一个重要的元素，象征着纯洁和真爱。