《越狱》第二季的剧情紧接着第一季，主要围绕主角迈克尔·斯科菲尔德（Michael Scofield）和他的兄弟林肯·伯罗斯（Lincoln Burrows）展开。在第一季的最后一集，迈克尔和林肯成功越狱，但他们的逃亡并没有结束，反而开始了新一轮的亡命之旅。

在第二季中，迈克尔和林肯以及其他六名逃出生天的一级重罪犯成为了全国警力追捕的对象。他们在逃亡过程中不仅要面对法律的制裁，还要应对各种危险和挑战。迈克尔坚信林肯是被冤枉的，因此他决定继续调查，希望能揭开背后的阴谋真相。

第二季的故事线更加复杂，涉及到更多的角色和情节。其中，迈克尔和林肯的关系也经历了考验，他们不仅要逃避追捕，还要面对自己内心的挣扎和恐惧。同时，剧中也揭示了一些新的线索和阴谋，使得整个故事更加扑朔迷离。

总体来说，《越狱》第二季是一部充满悬念和情感的生死逃亡剧，展现了角色们在极端环境下的生存挣扎和心理较量。