农村土地侵权纠纷确实存在同案不同判的案例。以下是一个具体的案例：

案例概述：

张英是周口市沈丘县白集镇某村村民，与丈夫育有4名子女。她发现同村有5户村民占用了她的土地，并分别采取了不同的行为：1户继续耕种，1户办理了房屋所有权证，另外2户既办理了房屋所有权证也办理了集体土地建设用地使用证。

法院判决：

1. 对于占用土地继续耕种的1户村民以及占用土地建造房屋居住但未办理任何权证的1户村民，法院判决他们返还各自侵占的土地。

2. 对于已办理房屋所有权证的另外3户村民，法院认为其所建房屋是否合法、行政确权是否合法等问题应由行政机关处理，因此驳回了张英要求这3户返还土地的诉讼请求。

后续诉讼：

由于通过民事诉讼未能全部要回来被侵占的土地，张英分别针对这3户村民所办理的“房屋所有权证”提起了房屋行政登记之诉，同时针对另外2户村民所办理的“集体土地建设用地使用证”提起了土地行政管理之诉。

结果：

在房屋行政登记的诉讼中，周口市两级法院经审理认为，张英提供的证据能够证明其与案涉土地权属具有利害关系，行政机关在为第三人颁证时未对案涉房屋所占土地的权属予以充分审核，因此判决撤销了沈丘县原国土资源局为这3户村民颁发的房屋所有权证。

结论：

这个案例表明，在处理农村土地侵权纠纷时，法院会根据具体情况和证据作出不同的判决。即使是在同一种类型的侵权行为中，也可能因为证据和具体情况的不同而导致不同的法律后果。因此，在处理类似纠纷时，需要仔细分析案件的具体事实和证据，以便作出公正合理的判决。