孙燕姿离开华纳音乐集团的原因是多方面的，主要包括以下几点：

个人与工作团队的关系

孙燕姿表示，她离开华纳的最大原因是与陈泽杉的关系。陈泽杉曾是华纳的副总经理，后来跳槽至百代旗下，并与孙燕姿有着良好的工作默契和私交。

新专辑销量问题

孙燕姿的新专辑《完美的一天》销量不佳，间接导致华纳大中国地区总裁周建辉将于近期离职。这一事件可能也影响了孙燕姿对华纳的信心和职业规划。

合约到期与续约问题

外界曾猜测孙燕姿可能因为华纳的“合作模式”未满足她的期望而选择不续约。华纳曾举出发片记者会上的签约仪式为证，否认了未续约的传闻。

人际关系与竞争

张惠妹与孙燕姿之间的竞争关系也被视为孙燕姿离开华纳的一个原因。张惠妹加入华纳后，两人之间的不和传闻不断，这可能让孙燕姿感到不舒服。

职业规划与发展

孙燕姿在合约满后，有传言称她将投靠EMI，并且前华纳副总陈泽杉也将在EMI旗下成立新的唱片品牌。这表明孙燕姿在职业规划上可能有了新的考虑和方向。

综合以上几点，可以得出孙燕姿离开华纳的原因主要是个人与工作团队的关系、新专辑销量问题、合约到期与续约问题、人际关系与竞争以及职业规划与发展等多方面的因素共同作用的结果。