《还珠格格3》特别版的大结局存在多个版本，具体如下：

版本一

永琪和小燕子：选择逃离皇宫，前往大理过逍遥日子。

知画和绵亿：留在皇宫，知画独自守寡，乾隆曾想让她改嫁蒙古王子，但她拒绝。

尔康：陪皇上微服出巡，从杭州去云南看望永琪和小燕子，后戒药成功。

晴儿：选择与萧剑去大理，远离皇宫和太后。

版本二

永琪和小燕子：在大理隐居。

尔康：戒药成功。

萧剑和晴儿：最终在一起。

永琪：为了小燕子放弃太子之位，离开皇宫，定居大理。

太后：祝福晴儿和萧剑。

慕沙：放手成全尔康和紫薇。

紫薇和尔康：回到宫中。

多年之后：小燕子和永琪等人儿女双全，皇上和尔康来访，一家人团聚。

版本三

永琪和小燕子：在大理隐居。

尔康：戒药成功。

萧剑和晴儿：最终在一起。

永琪：为了小燕子放弃太子之位，离开皇宫，定居大理。

太后：祝福晴儿和萧剑。

慕沙：放手成全尔康和紫薇。

紫薇和尔康：回到宫中。

多年之后：小燕子和永琪等人儿女双全，皇上和尔康来访，一家人团聚。

综合以上版本，可以得出以下结论：

永琪和小燕子：最终选择离开皇宫，前往大理过逍遥日子。

知画和绵亿：留在皇宫，知画独自守寡。

尔康：戒药成功，最终回到宫中。

晴儿：选择与萧剑去大理，最终两人在一起。

太后：祝福晴儿和萧剑。

慕沙：放手成全尔康和紫薇。

紫薇和尔康：最终回到宫中，重新聚首。

这些版本在细节上有所不同，但主要情节和人物关系基本一致。