《还珠格格3》的大结局中，主要角色的命运如下：

永琪和小燕子：

两人最终选择在大理隐居，过上了平静的生活。永琪为了小燕子放弃了太子之位，离开了皇宫。

尔康和紫薇：

尔康成功戒掉毒瘾，与紫薇重归于好，并一同回到宫中。

萧剑和晴儿：

这对苦情人最终也得到了太后的祝福，走到了一起。

慕沙：

她放手成全了尔康和紫薇。

知画：

知画最终被永琪抛下，她抱着儿子绵亿苦追永琪，但永琪还是选择了小燕子。

太后：

她祝福了萧剑和晴儿这对苦情人。

皇上和尔康：

多年之后，小燕子和永琪等人已经儿女双全，皇上和尔康突然来临，一家人团聚，共享天伦之乐。

这个结局充满了幸福和团圆，所有主要角色最终都找到了属于自己的幸福。