咖啡机系统缺水时，可以按照以下步骤进行维修：

检查水箱

确保水箱中有足够的水量。如果水箱为空或水量不足，直接加入水即可解决问题。

清洗水箱

如果咖啡机长期未使用，水箱内可能会有水垢等杂质，导致水流不畅。此时，应先将水箱彻底清洗干净，然后再加入水试试。

检查滤水器

如果咖啡机内置有滤水器，可能需要更换滤水器以确保水的质量。建议将滤水器更换为新的。

检查水管

检查进水管和出水管是否有水垢或杂质导致水流不畅。如果有，需要将水管清洗干净，然后再重新装回咖啡机。

检查流量计

如果流量计堵塞或损坏，咖啡机水箱的水无法进入机器内部管路，会导致“系统缺水”的提示。此时，需要更换流量计或修复其配线。

检查水泵

水泵故障也可能导致缺水。如果水泵与流量计之间的管路脱落或损坏，水无法进入机器内部管路。需要拆机，维修或更换水泵与流量计之间的连接管路。

检查电磁阀

电磁阀故障也可能导致咖啡机不出水。如果电磁阀接头脱落或损坏，需要将其插紧或更换新的电磁阀。

检查主控板

主控板损坏需要专业人员处理，维修或更换主控板（驱动板）。

使用光电液位传感器

如果咖啡机使用光电液位传感器，可以通过报警装置提醒用户及时添加水。确保传感器没有损坏，并根据需要进行个性化定制。

排气或拉杆操作

对于某些类型的咖啡机，如胶囊咖啡机，可以通过将水箱拎起来再放下去，重复几次，进行排气或拉杆多按压几次来解决问题。

如果以上方法均无效，建议尽快联系相关维修部门或咖啡机销售商，以获得更专业的帮助。