86五笔和98五笔的主要区别体现在以下几个方面：

字根数量和键盘布局

86五笔是最早的版本，字根数量较少，输入速度快，使用广泛。

98五笔在86五笔的基础上发展而来，字根数量更多，包含更全面的字库和词库，灵活性更高。

编码规则

86五笔使用的是单独出声符和单/双字边码，同音字有各自独立编码，编码较为简单。

98五笔在编码规则上进行了改进，选用了更多的“重心码元”与“多笔码元”，使得取码更顺畅便捷，并且改变了一些取笔画码的顺序，与汉字书写顺序保持一致。

功能差异

86五笔具有“抓屏造词”与“即造即用”等功能，方便用户维护词库与码表。

98五笔则不具备这些功能。

码元设置

86五笔增加了大量的有用字根，如“夫”，使得一些字特别好打。

98五笔删除了一些不十分有用的字根，如“戋”，简化了字根分配。

简码编码

86五笔中简码重复的现象较多。

98五笔在简码编码方面进行了优化，减少了重复现象。

词库更新

98五笔的词库相对于86五笔更加全面、丰富，收录了更多的词汇和短语。

界面设计

98五笔的界面设计相对于86五笔更加简洁、美观，使用起来更加方便。

适应性和灵活性

98五笔在编码时具有更高的灵活性，能够更好地适应汉字的变化。

总结：

86五笔和98五笔在字根数量、编码规则、功能、码元设置、简码编码、词库更新和界面设计等方面都有明显的区别。98五笔在字库和词库的丰富度、编码的科学性和规范性以及用户体验方面都有所改进，但相应地也增加了学习的难度和重码率。用户可以根据自己的需求和习惯选择适合自己的版本进行学习。