Fate/stay night的06版和UBW（Unlimited Blade Works）在内容上存在一些差异，具体如下：

故事线不同

06版动画主要基于Fate线，讲述了士郎与Saber的故事，但其中也混入了一些UBW和HF的内容。

UBW版则完全基于UBW线，讲述了士郎与远坂凛的故事，剧情发展和结局与Fate线有显著不同。

角色戏份

06版由于混入了其他线路的内容，导致一些角色如间桐樱和红A的戏份较多。

UBW版则更专注于凛和士郎的关系发展，以及其他相关角色的故事。

制作公司和年代

06版由Studio Deen制作，于2006年播出，画质和动作特效相对较为简陋。

UBW版由Ufotable制作，于2014年播出，画质和动作特效都有显著提升，相对更尊重原作。

剧情细节

06版在剧情上有一些改动，例如士郎与Saber的关系在后期变得较为复杂，并涉及到一些原本在UBW线中才会出现的情节。

UBW版则尽量保持了原作的游戏剧情，虽然在某些细节上有所简化，但整体上更忠于原作。

总结：

06版和UBW版在内容上并不一致，主要体现在故事线、角色戏份、制作公司和年代以及剧情细节上。如果希望完整地体验Fate/stay night的故事，建议分别观看这两部动画。