专项方案论证意见的回复应当遵循以下结构和内容：

感谢与重视

首先，感谢专家对方案提出的意见和建议，并表明对专家工作的重视和支持。

修改情况概述

简要说明根据专家意见所做的修改，包括修改的内容和范围。

具体修改措施

详细列出每一项修改措施，并解释其合理性和预期效果。例如：

已完善施工总平面布置图，并细化周边环境描述。

针对土质变化较大的问题，增加了搅拌桩施工应急措施。

细化了挖土方案，明确了搅拌桩和土钉的养护时间。

补充了坡面保护挂网喷浆措施和管井保护措施。

制定了降水方案的详细运行方案。

未采纳意见的解释

如果有无法采纳的意见，需要解释原因，并提出其他替代方案或解决方案，以表明对专家意见的尊重。

结论

最后，总结回复意见，明确表示方案已经根据专家意见修改完善，并确认方案是可行的。

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尊敬的专家：

感谢您在2023年9月6日对专项施工方案提出的宝贵意见和建议。我们非常重视您的专业意见，并已经认真研究了您的提议。现将我们的回复如下：

已按照论证意见修改

我们已根据您的建议对施工总平面布置图进行了完善，并细化了周边环境描述。

针对土质变化较大的问题，我们增加了搅拌桩施工应急措施，并在施工方案中进行了详细说明。

我们还细化了挖土方案，明确了搅拌桩和土钉的养护时间，并补充了坡面保护挂网喷浆措施和管井保护措施。

降水方案已补充详细运行方案，并通过降水试验等手段制定了按时降水方案。

未按照论证意见修改

在本次修改中，我们没有发现需要未按照论证意见修改的内容。

经过以上修改，我们认为该专项施工方案已经可行，并符合相关规范和标准。感谢您对我们工作的支持和帮助。

此致

敬礼!

[施工企业名称]

[专家组长签字]

[日期]

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请根据实际情况调整上述模板中的内容，确保回复清晰、准确、完整。