《五号特工组2》的结局中， 所有的主要角色最终都存活。马云飞和高寒在经历了一系列的考验后，依然保持他们的关系，并且没有结婚，因为马云飞对她的不信任感仍然存在。酒井美惠子在任务失败后，被高寒远程阻击至山崖下，生死未卜。此次任务所得被捐给了医院。最后，马云飞击毙了垂死挣扎的酒井美惠子。黎明前，完成轰炸东京任务的第一架美军飞机安全降落在衢州机场。结尾处，五号特工组的五个人一起在上海桥上走的画面，显示了他们的团结和胜利。