《五号特工组2》讲述的是抗战时期的四十年代初。该剧以四十年代初为背景，讲述了“原子弹石墨事件”、“细菌战”、“夺钨奇兵”及“刺杀陈纳德事件”四个小故事。这些故事不仅涉及了当时的重要历史人物和事件，还反映了四十年代初抗日战争的持久战时期，国民党与共产党之间以及国民党内部的复杂关系。

具体来说，剧中涉及的历史事件和人物包括中途岛战役前后日本间谍窃取原子弹重要文件的事件，以及国民党内部亲美派、亲日派和军统之间的政治暗潮。这些情节不仅增加了剧情的紧张和悬疑，也反映了当时社会的复杂性和特工工作的艰难。

因此，《五号特工组2》通过其紧凑的剧情和丰富的历史背景，生动地展现了抗战时期特工们在复杂政治环境中进行斗争的故事。