在漫画版中，黑杰克和皮诺可的结局是甜蜜的。黑杰克在梦中承认了皮诺可是自己的太太，并且剧情之后，他们继续生活在一起，过着热热闹闹的日子。这表明他们最终走到了一起，并且有了一个幸福的生活。

然而，关于动画版《怪医黑杰克》的结局，存在一些不同的解读。有观点认为，在动画版的大结局中，皮诺可在黑杰克的意识里出现，这可能象征着一种超越现实的关系，或者是对他们爱情的一种超越时间的表达。

综合来看，无论是漫画版还是动画版，《怪医黑杰克》中黑杰克和皮诺可的关系都以幸福和团圆告终。