根据你的描述，符合“90年代宇宙战机类”且涉及“女性角色”的动漫作品，较为符合的是《迷失太空》（Lost in Space）。

详细信息：

作品名称

日文名：

失落的宇宙（Lost in Space）

其他译名：宇宙特警（宇宙刑警）、神警妙探无敌舰、迷失太空等。

核心设定

以“遗失战舰——（神剑勇者号）2”为核心舞台，讲述了一群宇航员在宇宙中执行任务的故事。其中，女主角 卡罗琳娜（Caroline）是战舰的指挥官，她不仅是智慧与能力的象征，其角色设计也带有女性化特征。

其他关联作品

该系列改编自神坂一的原著小说，漫画共5册，动画版于1998年首播，共26集。

其他可能选项：

《星星舰队》（Star Fleet）虽然涉及宇宙飞船，但属于木偶剧，且未明确突出女性角色。

综上，《迷失太空》最符合你的描述。