从昆明火车站到长水机场，您有多种交通方式可选，包括出租车、地铁、机场大巴等。每种方式所需的时间和费用如下：

出租车

距离：约40公里

时间：约36-40分钟

费用：约71元（开车）或100元左右（打车）

地铁

距离：约29公里

时间：约56分钟（需要换乘2次）

费用：约6元

机场大巴

距离：约40公里

时间：约1小时

费用：25元

空港快线

距离：约40公里

时间：约1小时10分钟

费用：25元

考虑到您早上5点出发，9点有飞机，建议您选择 地铁或 机场大巴，因为这两种方式较为便捷且费用较低。

地铁：您可以在早上4:30左右到达昆明火车站，乘坐地铁，大约5:30到达长水机场，有足够的时间办理登机手续。

机场大巴：您可以在早上4:30左右到达昆明火车站，乘坐机场大巴，大约5:30到达长水机场，同样有足够的时间办理登机手续。

综合考虑，建议您选择 地铁，因为它更为快捷且费用较低。请确保提前规划好路线，预留足够的时间前往机场，以确保顺利登机。