《女医明妃传》的结局中，谭允贤最终和朱祁镇在一起。在剧中，谭允贤起初喜欢的是朱祁钰，但后来发现朱祁钰心性改变后，逐渐对其失望，在其去世后选择离宫而去。最终，朱祁镇退位给太子后，去宫外寻找允贤，两人重新相遇并在一起。

尽管有一些剧情提到允贤在经历种种困境后，曾一度离开皇宫，但最终她还是回到了朱祁镇的身边。两人共同经历了许多风风雨雨，最终有情人终成眷属。

需要注意的是，关于允贤和朱祁镇在一起的具体情节，不同来源的描述可能略有差异。以上信息综合自多个来源，以提供较为全面的结局概述。