《女医明妃传》的结局如下：

朱祁钰病逝：

吴太后数次找到祁钰大闹，祁钰不堪母亲刺激，在除夕夜突然病发，意外病逝。吴太后认定是允贤医术不精，害死了儿子，要允贤为祁钰殉葬。为救允贤，英宗不得不趁夜入宫，并在拥护他的大臣帮助下，登基为皇，下旨从此废除殉葬制度。

朱祁镇重新登基：

霍建华饰演的朱祁镇在剧情中最终悔悟，与黄轩饰演的朱祁钰和好，并重新登基为皇。

谭允贤的命运：

谭允贤在剧情中经历了许多波折，最终逃脱了殉葬的命运，但意外地失去了腹中的孩子。在朱祁镇重新登基后，她离开了皇宫，朱祁镇也抛下了皇位，追随允贤到了民间。

十年之后的情节：

十年之后，钱皇后去世，朱祁镇传位于太子，自己四处私访，终于再度找到了谭允贤。

这些情节构成了《女医明妃传》的主要结局，展现了角色之间的复杂关系和命运波折。