南京海军指挥学院的中校是 中级军官级别。根据中国人民解放军的军衔体系，中校位于校官级别的第二层，介于少校与上校之间。中校通常负责指挥较大规模的军事单位或部队，并在决策和执行军事任务方面发挥关键作用。

具体来说，中校军衔的军官在中国军队中担负着重要的职责，包括正团职（副旅职）、副团职或者正营职。在海军中，中校军衔的军官通常担任舰艇支队长、海军基地参谋部参谋长助理等职务。

因此，南京海军指挥学院的中校学员在毕业后，根据其在学院中的表现和所获得的职务，可能会被分配到相应的军事岗位，担任中级军官的职务。