《刀剑神域》第二季，也称为《刀剑神域：序列之争》，主要讲述了桐人和其他玩家在虚拟现实游戏《Gun Gale Online》（简称GGO）中的冒险和战斗。以下是其主要剧情内容：

死枪事件

桐人受菊冈诚二郎之托，进入FPS型VR游戏“Gun Gale Online”中调查“死枪”事件。在这个游戏中，玩家被神秘角色用漆黑之枪击中后，现实世界也会随之“死亡”。桐人在游戏中遇到了狙击手少女诗乃，并逐渐成为游戏中的知名角色，最终与诗乃合作揭露了“死枪”的真相。

GGO中的冒险

桐人在GGO中通过一系列战斗和冒险，逐渐揭开了“死枪”事件的背后真相。他不仅在游戏中获得了强大的能力，还结识了许多新朋友，包括诗乃和其他玩家。

圣剑篇

在解决了GGO中的“死枪”事件后，桐人回到另一个虚拟世界“ALO”，开始攻略传说中的武器“圣剑Excalibur”。在这一过程中，他与亚丝娜和其他伙伴一起经历了许多挑战和战斗。

圣母圣咏篇

亚丝娜在ALO中遇到了“绝剑”，并一起参与了一个有着特殊意义的楼层BOSS攻略战。这一部分展示了亚丝娜的勇气和实力，以及她与桐人之间的深厚感情。

总的来说，第二季通过多个游戏世界的冒险和战斗，继续探讨了虚拟与现实的关系，以及角色们在这些世界中的成长和自我发现。