苹果树中的长枝和短枝主要在以下方面存在区别：

树冠形态

短枝型苹果：树冠矮小，一般相当于普通品种的三分之二，新梢粗壮，节间短，树冠紧凑，适合密植，但树体寿命较短。

长枝型苹果：树冠高大，枝叶松散；生长量大，枝条节间长；叶片质量差；成花结果晚；管理困难；果实着色相对差；效益相对低。

枝条生长特性

短枝型苹果：萌芽率高，成枝力低，短枝多，长枝少。短枝型品种如神富6号，新梢短截后，先端只抽1~2个长枝，其他皆为短枝。因此，整个树体中长枝少，短枝多，树势容易趋弱。

长枝型苹果：生长势较强，节间较长，萌芽率较高，成枝力也较强。长枝型品种如烟富10，短枝率较低，主要以短枝结果为主。

开花结果

短枝型苹果：成花容易，结果早，可以在低龄枝段上形成花芽。由于短枝多，易于管理，如喷药、修剪、采收等。

长枝型苹果：成花较难，结果较晚，果实着色好，甜度和清脆度较高，但管理相对复杂，效益相对较低。

管理方便性

短枝型苹果：由于树体较小，管理方便，如喷雾、修剪、采收等操作更容易进行。

长枝型苹果：树体较大，管理相对复杂，需要更多的修剪和养护工作。

经济效益

短枝型苹果：树体小，产量高，管理简单，适合密植和简约化、机械化生产，经济效益较高。

长枝型苹果：虽然果实品质较好，但管理复杂，效益相对较低。

综上所述，短枝型苹果和长枝型苹果在树冠形态、枝条生长特性、开花结果、管理方便性以及经济效益等方面存在显著差异。短枝型苹果适合密植和简约化管理，经济效益较高；而长枝型苹果虽然果实品质较好，但管理复杂，适合大规模种植和高品质苹果生产。