佩恩的手下主要包括以下几位：

天道：

原身是长门的同伴弥彦，死后被长门制作成天道佩恩。

人间道：

原身是自来也在酒馆里遇到的一个泷隐忍者教师。

修罗道：

原身是自来也在游历中遇到的一个傀儡师。

畜生道：

原为风魔一族的男性忍者，后被自来也擒获，佩恩又补充了一位女性忍者作为新畜生道。

饿鬼道：

原为一草隐村忍者。

地狱道：

原为一个不知名宗教的领袖。

外道：

本体长门，能使用佩恩六道的所有技能。

此外，佩恩还控制着一些其他忍者，例如：

大蛇丸：虽然大蛇丸早年是建立过一个秘密基地，里面人员众多，但这些人员并不完全算是佩恩的部下，因为他们对大蛇丸感到畏惧，并且在大蛇丸被佐助崛起后，这些人被放出来了。

团藏：团藏控制的暗部有3000人左右，但这些人在佩恩袭击村子时还没出现，可以说是被团藏控制得死死地。

黑绝：黑绝制造了十万“实体分身”，这些分身也算是黑绝的部下。

总体来说，佩恩的手下以晓组织的成员为主，共有六名佩恩六道成员，以及可能的其他一些忍者。