南京建筑工程学院（现更名为南京工业大学）的毕业证 没有盖公章。根据2024年7月7日之前的资料，南京建工学院的毕业证上只有蓝色院长名章和校名章，而没有学校公章。此外，其他来源的信息也支持这一结论，即南京建工学院的毕业证没有盖公章，只有蓝色院长名章和校名章，但在照片上加盖有学校校名钢印。

因此，96年南京建筑工程学院的毕业证没有盖学校公章。建议您核实其他来源的信息，以确保准确性。