磁盘碎片整理程序的主要作用是 整理磁盘中的碎片文件，提高文件访问速度和系统性能。具体来说，该程序通过以下方式发挥作用：

减少文件碎片：

磁盘在使用过程中，文件会被分散保存到磁盘的不同位置，形成碎片。碎片整理程序将这些分散的文件重新组合成连续的存储区域，从而减少碎片。

提高文件访问速度：

由于碎片文件存储在磁盘的不连续区域，读取这些文件需要磁头在磁盘上移动到不同位置，这降低了磁盘的访问速度。碎片整理程序通过重新排列文件，使其在磁盘上连续存储，从而加快文件的读取速度。

优化磁盘空间：

碎片整理程序可以识别并删除无用的文件或临时文件，从而释放磁盘空间，使磁盘更加整洁，提高空间利用率。

提高系统性能：

通过减少文件碎片和提高文件访问速度，碎片整理程序可以显著提升计算机的整体性能，使用户在使用计算机时感觉更加流畅。

需要注意的是，磁盘碎片整理程序并不能增加磁盘的物理存储空间，也不能修复磁盘中的坏扇区或延长磁盘的使用寿命。因此，选项A、B和D都是不正确的。

综上所述，运行磁盘碎片整理程序的主要目的是 整理磁盘中的碎片文件，提高文件访问速度和系统性能。建议定期运行此程序，以保持磁盘的高效运行。