2012款速腾1.6手动顶配在2012年上牌，行驶了5.9万公里，售价9万元，是否值得入手，需要从多个方面进行综合评估：

车况

国四排放标准：这辆车是国四标准的车型，且为6L版本，车况好的话在二手市场能卖到7万元左右，具体价格要看车况。

里程数：行驶了5.9万公里，属于比较适中的里程数，不算特别高也不算特别低。

价格

当前售价：9万元。

市场参考价：正常手续全的话价格在11万元，具体看车况。

动力和操控

动力总成：1.6L自然吸气发动机，动力总成比较一般，但手动挡车型通过油离配合，能较好地弥补缺陷。

操控：大众的手动变速器在同级算是优秀的，换挡顺滑，方向盘力度均匀，操控性较好。

油耗

平均油耗：8.0 L/100km，燃油经济性较好。

配置和性价比

配置：除了安全配置以外，其他配置较低，性价比不高。

内饰：中控台是软的，其他都是硬的，整体内饰能接受，但无过多期望。

保值率

大众品牌保值率较高，速腾现车价格近几年基本没什么松动，减配不减价。

建议

车况检查：首先需要仔细检查车辆的车况，包括发动机、变速箱、悬挂系统等关键部件，确保没有重大故障。

市场对比：可以对比同级别车型的市场价格，看看9万元是否具有竞争力。

用途：考虑这辆车的用途，如果主要用于城市通勤和长途旅行，且对燃油经济性有较高要求，速腾1.6手动顶配是一个不错的选择。

维修和保养：了解车辆的维修和保养记录，确保后期维护成本在可接受范围内。

综合以上因素，如果车况良好，价格合理，且符合您的用车需求，那么2012款速腾1.6手动顶配是值得入手的。